c#读取excel两列数据并绘制xy曲线_科研绘图教程|如何用GraphpadPrism绘制超复杂组合图？...

|撰文&＃xff1a;莫比

之前生信大神谢老师在基迪奥生信交流群展示了一张用R语言绘制的组合图&＃xff0c;令群内无数粉丝疯狂不已。这张图是这样子的&＃xff1a;

对于我来说&＃xff0c;绘制这张图的难点是如何将3张图组合到一起&＃xff0c;而且“右图”的绘制方向与“上图”相反才能和主图&＃xff08;散点图&＃xff09;的坐标轴一致。

此外还有直方图和累计频率点线图的组合、Offset axis、全画布辅助线的添加、图例的添加等&＃xff0c;如果不精通R的绘图函数&＃xff0c;寸步难行&＃xff01;

那么&＃xff0c;除了R语言&＃xff0c;常规的作图软件比如Prism可以做到吗&＃xff1f;

于是&＃xff0c;找谢老师要了范例数据准备验证一下。顺便讲一下&＃xff0c;如果大家对全基因组关联分析(GWAS)感兴趣可以前往Omicshare课堂观看谢老师的系列视频教程。

我的作图思路是&＃xff1a;分别绘制“主”、“上”、“右”三个图表&＃xff0c;然后把三个工程文件merge成1个&＃xff0c;使用Prism的layout功能将三个图表组合在一起&＃xff0c;最后手动添加辅助线、图例即可。下面就一起看下如何绘制吧&＃xff01;

|“主图”绘制

数据准备的准备很简单&＃xff0c;只需π_poolA/π_poolB和Fst这两列数据即可&＃xff0c;然后筛选出π_poolA/π_poolB≥1.174且Fst≥0.069的数据&＃xff0c;以及其余数据。为了方便快速演示&＃xff0c;我这里仅选取了3万个位点数据。如果不会筛选作图数据&＃xff0c;可参考《如何使用Excel对数据进行筛选&＃xff1f;》一文的方法。

然后&＃xff0c;将数据复制粘贴到Prism的XY表格中&＃xff0c;绘制XY分组散点图即可&＃xff0c;数据表格的样式如下&＃xff1a;

如果不会画分组散点图&＃xff0c;可以参考《Graphpad Prism能不能画火山图&＃xff1f;》或《Graphpad Prism能不能画九象限图&＃xff1f;》的作图方法。如果不想看图文教程&＃xff0c;也可以点击阅读原文前往Omicshare课堂观看视频教程。最终绘制的主图如下&＃xff1a;

|“上图”绘制

接着新建一个工程文件&＃xff0c;新建Column型的表格&＃xff0c;将π_poolA/π_poolB这列数据复制粘贴到表格中&＃xff0c;然后点Analyze按钮&＃xff0c;做2次频率分布分析。

参数设置如下&＃xff0c;注意将两次分析的Bin width&＃xff08;可理解为组距&＃xff09;都设置为0.01&＃xff0c;至于为什么是0.01&＃xff0c;可根据数据的分布范围估计&＃xff0c;保证Bin的数量约200个左右&＃xff0c;这样画出的“密度”曲线比较光滑。

然后新建1个XY表格&＃xff0c;将两次分析的结果合并到一个表中&＃xff0c;并依据π_poolA/π_poolB≥1.174将频率直方图的数据分成两组&＃xff0c;用以实现直方图的分组着色效果&＃xff0c;方法类似分组散点图&＃xff0c;数据准备如下。

然后&＃xff0c;在Graph选项下&＃xff0c;图表类型选XY的Spikes&＃xff0c;如下&＃xff0c;你可能会问&＃xff1a;为什么不是柱状图呢&＃xff1f;因为柱状图的X轴的范围无法自定义。

接下来需要对图表进行个性化设置&＃xff0c;比如将直方图和点线图的数据映射到两个Y轴上&＃xff0c;设置X轴的长度、范围与主图的X轴一致等&＃xff08;如下&＃xff09;&＃xff0c;具体操作看之前系列的教程&＃xff0c;这里不再赘述。

为了之后方便拼图&＃xff0c;这里暂时不隐藏X轴&＃xff0c;删掉图例&＃xff0c;“上”图的绘制效果如下&＃xff1a;

|“右图”绘制

方法与上图绘制一样&＃xff0c;新建Column型的表格&＃xff0c;将Fst这列数据复制粘贴到表格中&＃xff0c;然后点Analyze按钮&＃xff0c;Bin width设置为0.01&＃xff0c;做2次频率分布分析。然后&＃xff0c;合并分析数据作图如下&＃xff1a;

很明显&＃xff0c;如果放置在主图的右侧&＃xff0c;顺时针旋转90°&＃xff0c;图表的原点在图表的左上角&＃xff0c;无法和主图一一对应。那么如何让原点处于图表右下角呢&＃xff1f;Prism虽有原点位置设置功能&＃xff0c;试了下&＃xff0c;让人吐血。只能手动改变横坐标顺序了&＃xff0c;“你不动&＃xff0c;我动&＃xff01;” 唉&＃xff0c;期待Prism 9 XY型数据也能横向绘制图表吧&＃xff01;

按照主图Y轴的范围&＃xff0c;裁剪掉多余的数据&＃xff08;非常重要&＃xff01;&＃xff09;&＃xff0c;然后将X轴的数据&＃xff0c;复制到Excel中降序排列后再粘贴回Prism即可快速完成顺序颠倒&＃xff0c;手动修改刻度标签后效果如下&＃xff1a;

至于为什么用Excel&＃xff0c;那是因为Prism无法只对一列排序而其他列不动&＃xff01;

| 图表组合

终于到了最后一步&＃xff0c;先通过file/Merge&＃xff0c;将3个工程文件合并成一个&＃xff0c;当然在合并之前你也可以复制一份&＃xff0c;并将之前一些中间分析结果、图表删掉。合并文件后&＃xff0c;在Layouts选项下&＃xff0c;新建空白的布局&＃xff0c;如下&＃xff1a;

从左侧导航栏把依次将3个图表拖到Layout1画布中&＃xff0c;并右键“右图”&＃xff0c;顺时针旋转90°&＃xff0c;排列好之后使用Draw选项下的直线工具绘制虚线&＃xff0c;如下。

回到单个图表中隐藏掉X轴&＃xff0c;以及主图的辅助线&＃xff0c;即可完成图表的组合&＃xff0c;如下&＃xff0c;满意后导出图片即可。

如果使用全部&＃xff08;10万多个&＃xff09;位点的数据&＃xff0c;虽然没有Origin那样的Fast模式&＃xff0c;Prism也能抗的住&＃xff0c;绘制效果如下图&＃xff0c;不过你可能需要一些耐心&＃xff01;

最终的绘制效果如下&＃xff1a;

最后&＃xff0c;如果你还是没学会&＃xff0c;可以先收藏起来&＃xff0c;跟着实操哦~

也可以到OmicShar课堂&＃xff0c;观看Graphpad Prism科研作图系列视频教程&＃xff0c;好啦&＃xff0c;今天的内容就到这里啦&＃xff01;