评委打分表模板_利用modeller进行融合蛋白多模板建模（二）

在前一节&＃xff08;利用 modeller进行 融合蛋白多模板建模&＃xff08;一&＃xff09; - 大家都叫我杨哥的文章 - 知乎 https://zhuanlan.zhihu.com/p/126689898&＃xff09;中讲述了使用modeller的基本套路&＃xff0c;虽然是个开胃菜&＃xff0c;但没掌握的话则后面的工作就很难顺利的进行下去。

多模板建模过程

1 照例&＃xff0c;先准备目标序列对齐文件 seq_in.ali

2 运行salign .py 从多个同源模板PDB提取氨基酸序列&＃xff0c;生成临时对齐序列tmp.ali&＃xff08;模板之间的对齐&＃xff09;&＃xff08;这一步很厉害&＃xff0c;手动是做不到的&＃xff09;

3 运行align2dmultiple .py &＃xff0c;将上一步tmp.ali 和 seq_in.ali作为输入&＃xff0c;输出模板-目标序列对齐文件out_multi.ali 。

4 modelmutli.py &＃xff0c;将out_multi.ali作为为输入&＃xff0c;输出5个模板。注意在脚本中是否启用打分函数。写个示例照抄吧&＃xff0c;

运行脚本时&＃xff0c;一个好的习惯是把结果输出到log文件。以下是正确的运行姿势&＃xff1a;

5 耐心等2-5min&＃xff0c;可以看到文件夹里输出了 top5 PDB文件

6 接下来就是选一个最好的模型&＃xff0c;对loop区进行优化&＃xff0c;选哪个最好呢&＃xff1f;model_mult.log 文件翻到最后几行&＃xff0c;有一个打分表如下所示&＃xff1a;

molpdf 、DOPE 数值越小、GA341 越接近1 说明模型越合理。 GA341一般要求大于0.6。这里都差不多&＃xff0c;我就选择第二个作为candidate进行优化。

运行loop_refine脚本时要指定优化哪一段序列。

等上一段时间后&＃xff0c;输出XXX.BL99990001-5.pdb 5个优化后的模型文件。

7 至此 基本流程就结束了&＃xff0c;剩下的是在线对模型进行一站式评估了

小结&＃xff1a;融合蛋白多模板拼接建模&＃xff0c;相对于不拼接建模的 核心操作其实很简单&＃xff0c;一句话&＃xff0c; 在步骤3 建模脚本out_multi.ali 对齐文件中&＃xff0c;手动的将所有序列对齐。