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windows平台本地化blast2.8.0(构建NR本地数据库,批量生成pssm打分矩阵)

本文的主要内容分为1、下载blast程序2、下载nr数据库,也可选择下载nt数据库或其他数据库,操作一样。3、修改环境变量并本地化blast程序4
本文的主要内容分为

1、下载blast+程序


2、下载nr数据库,也可选择下载nt数据库或其他数据库,操作一样。


3、修改环境变量并本地化blast程序


4、将自己的序列与数据库文件对比,生成pssm矩阵


5、通过python程序批量生成pssm矩阵


一、下载blast+程序 (#mark1)

从 ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/下载blast+程序
或者进入NCBI输入blast进入界面
在这里插入图片描述
在这里插入图片描述
下载到非系统盘,如E:\blast 并新建文件夹db,后面放nr数据库使用。
在这里插入图片描述

二、下载nr数据库或者其他数据库

地址https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/
可以下载已经格式化过的nr数据库分文件
在这里插入图片描述
下载完之后解压在刚才新建的db文件夹下。会得到以下文件

在这里插入图片描述

三、修改环境变量并本地化blast程序

使用 win+r 命令进入运行界面,输入sysdm.cpl进入系统环境变量设置
在这里插入图片描述
设置环境变量,方便后续操作
在这里插入图片描述
并添加配置文件
新建txt文件,里面输入
[NCBI]
Data=“E:\blast\data”
并把文件命名为ncbi.ini,放入C:\WINDOWS目录下
在这里插入图片描述

四、此时可进行比对操作(blastn、blastp、psiblast)

我用的是psiblast,打开命令行。使用cd命令切换到bin目录下
在这里插入图片描述
跑完之后可得到pssm矩阵
pssm矩阵实例长这个样子
在这里插入图片描述

五、使用Python程序批量生成pssm矩阵

#!/usr/bin/python
# -*- coding:utf-8 -*-
import os
totalSize = 0
fileNum = 0
dirNum = 0
def visitDir(path):global totalSizeglobal fileNumglobal dirNumfor lists in os.listdir(path):sub_path = os.path.join(path, lists)if os.path.isfile(sub_path):fileNum = fileNum+1 # 统计文件数量totalSize = totalSize+os.path.getsize(sub_path) # 文件总大小elif os.path.isdir(sub_path):dirNum = dirNum+1 visitDir(sub_path)
visitDir("C:/Users/cpc/Desktop/新建文件夹/dp525/")
print(fileNum)
for i in range(1,fileNum+1):os.system("E:/blast/bin/psiblast -query C:/Users/cpc/Desktop/新建文件夹/dp525/"+ str(i)+"_dp.txt"+" -db nr -num_iterations 3"+" -out_ascii_pssm "+str(i)+".pssm")

在这里插入图片描述
参考文献:linux系统下使用psi_blast生成位置特异性打分矩阵(PSSM)


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永远路鸣
这个家伙很懒,什么也没留下!
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