r语言list添加_技术贴|R语言pheatmap添加标记和分组

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本文由阿童木根据实践经验而整理&＃xff0c;希望对大家有帮助。

原创微文&＃xff0c;欢迎转发转载。

上一篇讲到利用display_numbers参数可以在热图中的每个cell中填入想要的信息&＃xff0c;例如相对丰度信息&＃xff0c;另外也可以利用此参数给每个cell添加标记(mark)信息。另外利用annotation_col和annotation_row参数可以给pheatmap热图的横或列添加分组信息。本文将先模拟输入矩阵数据&＃xff0c;然后再展示pheatmap添加标记和分组具体方法。

一、模拟输入矩阵

set.seed(1995)  

# 随机种子

data&＃61;matrix(abs(round(rnorm(200, mean&＃61;1000, sd&＃61;500))), 20, 10)  

# 随机正整数&＃xff0c;20行&＃xff0c;20列

colnames(data)&＃61;paste("Species", 1:10, sep&＃61;".")  

# 列名-细菌

rownames(data)&＃61;paste("Sample", 1:20, sep&＃61;".")  

# 行名-样品

data_norm&＃61;data

for(i in 1:20){

    sample_sum&＃61;apply(data, 1, sum)

    for(j in 1:10){

        data_norm[i,j]&＃61;data[i,j]/sample_sum[i]

    }

}

# 标准化

data_norm

# 模拟完成的标准化矩阵数据如下&＃xff1a;

二、聚类分析和热图

1. 在cell中添加mark

方法&＃xff1a;

display_numbers&＃61;matrix&＃xff1a;使用自定义矩阵数据

data_mark&＃61;data_norm

# 新建mark矩阵

for(i in 1:20){

    for(j in 1:10){

        data_mark[i,j]&＃61;ifelse(data_norm[i,j]>0.1, "*", "")

    }

}

# 用"*"代替>0.1的相对丰度&＃xff0c;用""代替<&＃61;0.1的相对丰度

pheatmap(data_norm, display_numbers&＃61;data_mark)

# 绘制热图&＃xff0c;结果如下&＃xff1a;

2. 给样品和物种添加分组信息

方法&＃xff1a;

annotation_col&＃xff1a;列分组

annotation_row&＃xff1a;行分组

annotation_colors&＃xff1a;分组颜色

Group&＃61;c("A", "A", "A", "A", "A", "A", "A", "A", "A", "A", "B", "B", "B", "B", "B", "B", "B", "B", "B", "B")

group_sample&＃61;data.frame(Group)

rownames(group_sample)&＃61;rownames(data_norm)

# 模拟样品分组文件

group_sample

# 查看&＃xff1a;

Genus&＃61;c("G1", "G1", "G1", "G1", "G1", "G2", "G2", "G2", "G2", "G2")

group_genus&＃61;data.frame(Genus)

rownames(group_genus)&＃61;colnames(data_norm)

# 模拟物种分组文件

group_genus

# 查看&＃xff1a;

colors&＃61;list(Group&＃61;c(A&＃61;"#1B9E77", B&＃61;"#D95F02"))

# 自定义样品分组颜色&＃xff0c;物种/Genus分组使用默认颜色

pheatmap(data_norm, annotation_col&＃61;group_genus, annotation_row&＃61;group_sample, annotation_colors&＃61;colors)

# 绘制热图&＃xff0c;结果如下&＃xff1a;

感谢阅读~ 

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