我正在尝试在HPC服务器上创建自己的conda python环境,并且正在发生一些非常奇怪的事情。
问题
创建新的conda环境后,似乎python在该环境中看不见自己,在使用基本环境...因此,我无法使用在新环境中安装的软件包,但可以在基本环境中看到它们。 。
这是我所做的
我按照以下步骤安装我的环境:
$ conda create -n niml pip python=3.6.5 $ source activate niml (niml) $ conda install -c conda-forge luigi
然后检查安装的软件包:
(niml) $ conda list
这是我得到的非常基本的环境:
# Name Version Build Channel botocore 1.10.61 py_0 conda-forge ca-certificates 2018.4.16 0 conda-forge certifi 2018.4.16 py36_0 conda-forge docutils 0.14 py36_0 conda-forge jmespath 0.9.3 py_1 conda-forge libedit 3.1.20170329 h6b74fdf_2 libffi 3.2.1 hd88cf55_4 libgcc-ng 7.2.0 hdf63c60_3 libstdcxx-ng 7.2.0 hdf63c60_3 lockfile 0.12.2 py_1 conda-forge luigi 2.7.6 py36_0 conda-forge ncurses 6.1 hf484d3e_0 openssl 1.0.2o 0 conda-forge pip 10.0.1 py36_0 pyparsing 2.2.0 py_1 conda-forge python 3.6.5 hc3d631a_2 python-daemon 2.1.2 py36_0 python-dateutil 2.7.3 py_0 conda-forge readline 7.0 ha6073c6_4 setuptools 39.2.0 py36_0 six 1.11.0 py36_1 conda-forge sqlite 3.24.0 h84994c4_0 tk 8.6.7 hc745277_3 tornado 4.5.3 py36_0 conda-forge wheel 0.31.1 py36_0 xz 5.2.4 h14c3975_4 zlib 1.2.11 ha838bed_2
然后我尝试运行python并导入安装的软件包,luigi
但没有发现错误。
(niml) $ python >>> import luigi Traceback (most recent call last): File "", line 1, in ModuleNotFoundError: No module named 'luigi'
我还尝试导入numpy
在基本环境中而不是在新环境中的文件,并且它可以正常工作。
>>> import numpy
以上工作正常,这意味着python
认为它正在基本环境中运行。
我自己的环境中的Python正在运行
我检查了正在执行的python,它确实是新环境中的一个niml
:
>>> import sys >>> sys.executable '~/.conda/envs/niml/bin/python'
也从命令行检查,它是环境中的python
可执行文件:
(niml) $ which python ~/.conda/envs/niml/bin/python
我在HPC上运行
我之前已经创建了anaconda环境数百次,但从未遇到过此问题。唯一的区别是我使用的是HPC服务器,因此我必须进行如下操作:
module load python/anaconda3
这是我从通常的工作流程中看到的唯一可能导致此问题的区别...
其他人以前见过这个问题并能够解决吗?