我怎么知道有人正在访问我的PHP脚本？

我所有的脚本都存储在我的网站文件管理器的public_html文件夹中。域和托管是从Godaddy购买的。
但是我觉得有人正在访问我的php脚本，因为在数据库中，有些条目是在当时没有人使用我的应用程序并且只有我可以使用它的时候创建的。
请告诉我如何使我的文件管理器安全？

Android apk已启用proguard，因此不会对apk进行反向工程。并且php脚本以以下方式存储在我的文件管理器的public_html目录中：
Domain_name / folder1 / folder2 / script.php

请指导我所有专家。