作者:止水若境 | 来源:互联网 | 2023-05-30 15:44
生信盒子(1)https:shengxin.renarticle443这个教程还不能运行过去(2)出现的问题:一些图运行不出来,有可能是数据的原因,进入不到程序里的if语句,是GU
生信盒子
(1)https://shengxin.ren/article/443 这个教程还不能运行过去
(2)出现的问题:一些图运行不出来,有可能是数据的原因,进入不到程序里的if语句,是GUI界面做的时候有些bug。
解决方案:直接用源代码运行,需要把前面的数据导入里面,可能会遇到一些未知的错误(前面导入变量不全),而且和GUI结合,是不是一些语句还需要修改,如果前面把数据处理好了,就好办了
(3)聚类树,选择多少4*10^4 ,出现三类
(4)每一类多少个 默认30个
生信盒子的数据测试
用生信盒子运行宝贝的数据WGCNA出错:
plotDendroAndColors 出错 ,又不出错了
h554
#mgCor
mgCor=data.frame(colnames(tmp),moduleTraitCor[1,],moduleTraitPvalue[1,])[order(-moduleTraitCor[1,]),]
colnames(mgCor)=c("gene","R","P.value")
write.table(mgCor,file = paste0("ModuleHubGeneDetail_",m,".txt"),sep = ‘\t‘,quote = F,row.names = F)
mgCor=data.frame(colnames(tmp),moduleTraitCor[1,],moduleTraitPvalue[1,])[order(-moduleTraitCor[1,]),]
Error in data.frame(colnames(tmp), moduleTraitCor[1, ], moduleTraitPvalue[1, :
参数值意味着不同的行数: 0, 290
h630
# Export the network into edge and node list files for Cytoscape
> cyt = exportNetworkToCytoscape(modTOM,
+ #edgeFile=paste("CytoEdge",paste(m,collapse="-"),".txt",sep=""),
+ #nodeFile=paste("CytoNode",paste(m,collapse="-"),".txt",sep=""),
+ weighted = TRUE, threshold = cutNet,nodeNames=modProbes,
+ nodeAttr = mergedColors[inModule])
Error in exportNetworkToCytoscape(modTOM, weighted = TRUE, threshold = cutNet, :
Cannot determine node names: nodeNames is NULL and adjMat has no dimnames.