HeatMap在生物信息学中的应用

Heat Map在生物信息学中的应用

Heat Map简介

Heatmap 可以用颜色变化来反映二维矩阵或表格中的数据信息&＃xff0c;它可以直观地将数据值的大小以定义的颜色深浅表示出来。常根据需要将数据进行聚类&＃xff0c;将聚类后的数据表示在heatmap 图上&＃xff0c;通过颜色的梯度及相似程度来反映数据的相似性和差异性。 热图是展示基因表达差异非常直观的方法&＃xff0c;很多R语言包如pheatmap&＃xff0c;ggplot2,gplots都可以用来绘制热图。

Heat Map在生物学中的应用
生物学中热图经常用于展示多个基因在不同样本中的表达水平。然后可以通过聚类等方式查看不同组&＃xff08;如疾病组和对照组&＃xff09;特有的pattern。热图还可以用于展示其他物质的丰度比如微生物的相对丰度、代谢组不同物质的含量等等。当然&＃xff0c;另一个热图的重要用处就是展现不同指标、不同样本等之间的相关性。由于热图的可视化结果比较直观明了&＃xff0c;因此&＃xff0c;常常应用于生物医学乃至生命科学的各类分析中。

图片解读&＃xff1a;根据TCGA BRCA数据集中的30个样本生成的热图。 左上角从紫色到红色的带表示基因表达水平从低到高。 根据样品基因表达之间的相关性&＃xff0c;将样品的树状图&＃xff08;顶部&＃xff09;聚集为两个部分&＃xff0c;然后分别进行标记。 分类注释栏&＃xff08;热图上方&＃xff09;显示了年龄&＃xff0c;TN&＃xff0c;HER2&＃xff0c;PR和ER的注释。 左侧的色条&＃xff08;绿色至红色和橙色至白色&＃xff09;分别显示了三阴性患者与非三阴性患者的对数倍数变化和对数-log10 P 值。

热图制作方法可参考
Heat Map作图代码及方法https://www.jianshu.com/p/1c55ea64ff3f