gvim - 使用github托管vim插件

我在github上建一个名为vimfiles的repository，将 ~/.vim 内的东西push上去，使用pathogen来管理插件

添加两个submodule
git submodule add git@github.com:kien/ctrlp.vim.git bundle/ctrlp
git submodule add git@github.com:Shougo/neocomplcache.git bundle/neocomplcache

这样就添加了两个插件，然后可以使用git submodule foreach git pull origin master更新插件

但是，submodule在github上只是一个指向原repository的一个引用，如图

如果我修改了插件的几行代码，vimfiles这个仓库如何记录我的修改？

或者说，能否让vimfiles这个repository记录的不是插件原repository的指向，而是实实在在的代码？

想到两种解决方法，但并不知道是否最佳做法。

其一，fork了别人插件的代码后，在fork了后的repository上对代码进行修改
然后git submodule add (新的repository) bundle/xxxx，但是如果只是改几行代码fork一个项目这个做法是否合理。

其二，不使用git submodule的方法，在bundle目录下git clone插件的代码，并去掉插件目录的.git文件夹，即去除插件的版本控制。这样就可以在vimfiles这个repository中实实在在地保存插件的代码，而缺点就是插件的更新很麻烦。

是否有更佳的方法，望告知，谢谢。