github - git checkout -f 问题

Git小白提问
场景：我本地搭建的git 然后关联到github仓库，服务器从github上拉取内容。
问题：服务器上拉取了之后，我本地修改了一个文件，push到github上之后，github更新了我变更过的内容，但是在服务器上拉取的时候出现了报错：error: Your local changes to 'yourfilename.html' would be overwritten by merge. Aborting.
网上查了这个报错之后说是git checkout -f之后再拉取就行了，我执行了git checkout -f这个命令之后，发现这个目录的权限就丢失了，请问是怎么回事呢？