在一个文件中打印行匹配另一个文件中的模式

我有一个超过40.000行(file1)的文件,我想提取与file2中的模式匹配的行(约6000行).我像这样使用grep,但它很慢: grep -f file2 file1 > out

有没有更快的方法来使用awk或sed？

这是我文件的一些摘录:

File1:
scitn003869.2| scign003869 CGCATGTGTGCATGTATTATCGTATCCCTTG
scitn007747.1| scign007747  CACGCAGACGCAGTGGAGCATTCCAGGTCACAA
scitn003155.1| scign003155  TAAAAATCGTTAGCACTCGCTTGGTACACTAAC
scitn018252.1| scign018252  CGTGTGTGTGCATATGTGTGCATGCGTG
scitn004671.2| scign004671  TCCTCAGGTTTTGAAAGGCAGGGTAAGTGCT

File2:
scign000003
scign000004
scign000005
scign004671
scign000013

`