如何在R中安装topicmodels包?

 牧童的伙伴_168 发布于 2023-01-09 17:16

我正在尝试在R中安装名为topicmodels的包,但我没有成功.这是我试过的......

操作:使用安装包 install.packages("topicmodels")

结果:

package ‘topicmodels’ is available as a source package but not as a binary

Warning in install.packages :
  package ‘topicmodels’ is not available (for R version 3.1.0)

所以我说好了让我们从源码安装

行动: install.packages("/Users/my_name/Downloads/topicmodels_0.2-1.tar.gz",repos=NULL,type="source")

结果:

* installing *source* package ‘topicmodels’ ...
** package ‘topicmodels’ successfully unpacked and MD5 sums checked
** libs
clang -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG  -I/usr/local/include -I/usr/local/include/freetype2 -I/opt/X11/include    -fPIC  -Wall -mtune=core2 -g -O2  -c cokus.c -o cokus.o
clang -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG  -I/usr/local/include -I/usr/local/include/freetype2 -I/opt/X11/include    -fPIC  -Wall -mtune=core2 -g -O2  -c common.c -o common.o
clang -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG  -I/usr/local/include -I/usr/local/include/freetype2 -I/opt/X11/include    -fPIC  -Wall -mtune=core2 -g -O2  -c ctm.c -o ctm.o
ctm.c:29:10: fatal error: 'gsl/gsl_rng.h' file not found

include gsl/gsl_rng.h

1 error generated.
make: *** [ctm.o] Error 1
ERROR: compilation failed for package ‘topicmodels’
* removing ‘/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.1/Resources/library/topicmodels’
Warning in install.packages :
  installation of package ‘/Users/me/Downloads/topicmodels_0.2-1.tar.gz’ had non-zero exit status

那么我研究了这个gsl的东西并且发现了这个链接.目前我认为我的所有问题都已消失,当我最终遵循这些指示时.我收到以下错误(在终端)...

Warning in untar2(tarfile, files, list, exdir, restore_times) :
  using pax extended headers
ERROR: cannot extract package from ‘topicmodels.tar.gz’

小智.. 23

首先,你必须安装gsl.安装完成后,可以尝试安装R软件包.你可以从这里下载gsl (你可以选择最新版本gsl-latest.tar.gz).下载完成后,通过执行以下操作进行安装:

    解压下载的文件(在我的情况"最新"文件包含在此版本:gsl-1.16)

    打开"终端"

    然后(使用终端),移动你在步骤1中创建的文件夹.在我的情况下,我将文件放在名为"Downloads"的文件夹中,所以我通过执行以下操作移动到新创建的文件夹:

    cd Downloads/gsl-1.16
    

    进入该文件夹后,运行以下命令(按顺序):

    ./configure
    make
    sudo make install
    

    执行此操作后,您将无法获得先前的错误说明fatal error: 'gsl/gsl_rng.h' file not found,因此您可以再次尝试安装.

    现在回到你的R环境(例如,RStudio)再次尝试安装包:

    install.packages("PATH_TO_TOPIC_MODELS.tar.gz", repos=NULL, type="source").
    

我遇到了同样的问题,在这之后我正确地安装了R包,我希望它也适用于你的情况.

2 个回答
  • 如果您已经在使用自制软件。与从源代码手动安装gsl相比,使用变量修复更好,更快。

      用自制软件安装gsl brew install gsl

      编辑~/.R/Makevars并添加。

      PKG_LIBS = -L / usr / local / opt / gettext / lib
      CFLAGS = -I / usr / local / opt / gsl / include
      LDFLAGS = -L / usr / local / opt / gsl / lib -lgsl -lgslcblas

    2023-01-09 17:17 回答
  • 首先,你必须安装gsl.安装完成后,可以尝试安装R软件包.你可以从这里下载gsl (你可以选择最新版本gsl-latest.tar.gz).下载完成后,通过执行以下操作进行安装:

      解压下载的文件(在我的情况"最新"文件包含在此版本:gsl-1.16)

      打开"终端"

      然后(使用终端),移动你在步骤1中创建的文件夹.在我的情况下,我将文件放在名为"Downloads"的文件夹中,所以我通过执行以下操作移动到新创建的文件夹:

      cd Downloads/gsl-1.16
      

      进入该文件夹后,运行以下命令(按顺序):

      ./configure
      make
      sudo make install
      

      执行此操作后,您将无法获得先前的错误说明fatal error: 'gsl/gsl_rng.h' file not found,因此您可以再次尝试安装.

      现在回到你的R环境(例如,RStudio)再次尝试安装包:

      install.packages("PATH_TO_TOPIC_MODELS.tar.gz", repos=NULL, type="source").
      

    我遇到了同样的问题,在这之后我正确地安装了R包,我希望它也适用于你的情况.

    2023-01-09 17:17 回答
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