如何修改R的热图中的RowSideColor列大小.2()

 mobiledu2502911637 发布于 2023-02-12 14:47

我有以下数据:

    foo_06.ix   bar_06.ix   bar_06.iz   qux_06.ix   qux_06.iz
1416474_at Igdcc4   0.563   5.649   1.654   0.776   0.973
1416576_at Socs3    5.793   5.417   0.694   3.256   0.951
...

我想绘制层次聚类热图.

使用此代码:

library(gplots);
library(RColorBrewer);

tm <- read.table("http://dpaste.com/1494806/plain/",header=TRUE,sep="\t")

nofclust <- 21;
# Clustering functions 
hclustfunc <- function(x) hclust(x, method="complete")
distfunc <- function(x) dist(x,method="euclidean")

d.tm <- distfunc(tm)
fit.tm <- hclustfunc(d.tm)
clusters <- cutree(fit.tm, k=nofclust)

# Define colours
hmcols <- rev(brewer.pal(11,"Spectral"));
selcol <- colorRampPalette(brewer.pal(12,"Set3"))
selcol2 <- colorRampPalette(brewer.pal(9,"Set1"))
sdcol= selcol(5);
clustcol = selcol2(nofclust);

# Plot heatmap
pdf(file="tmp.pdf",width=27,height=27);
heatmap.2(as.matrix(tm),dendrogram="row",scale="row",RowSideColors=clustcol[clusters],ColSideColors=sdcol,col=hmcols,trace="none", margin=c(12,12), hclust=hclustfunc,distfun=distfunc,lwid=c(0.1,0.1,0.1,0.1,0.1),keysize=0.5);
dev.off()

它产生如下图: 在此输入图像描述

使用固定的PDF大小(27x27)我想做的事情:

    创建row side column小于所有5个主列的热图.目前它太宽了.这5个主要列的大小我固定lwid=0.1,所以不要改变.

    挤压树形图.

    如果上述两个生效,则右侧的行名占据页面中的显着空格.

如何修改上面的代码才能实现这些目标?

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